„ალავერდი" თურქულ-არაბული წარმოშობის სიტყვაა და „ღვთისგან ნაბოძებს" ნიშნავს. ეს ცნება ნაყოფიერებასა და მოსავალთან იყო დაკავშირებული, ამიტომ იმ ქვეყნებში, სადაც უმთავრესად მიწათმოქმედებას მისდევდნენ (მათ შორის საქართველოსა და სომხეთში), ეს სახელი დღესაც ჰქვია რამდენიმე დასახლებულ ადგილს. მათ შორისაა კახეთში, ალაზნის ველზე, მდებარე სოფელიც. სხვა მეცნიერთა ვერსიით, სწორედ მან მისცა სახელი ერთ-ერთ უმნიშვნელოვანეს ქართულ მართლმადიდებლურ ცენტს - ალავერდის სამონასტრო კომპლექსს.

VI საუკუნეში წმინდა იოანე ზედაზნელის კურთხევით ერთ-ერთი ასურელი მამა, იოსები, კახეთის სხვადასხვა კუთხეში ქადაგებდა. ბოლოს იგი სოფელ ალავერდის ახლოს დაემკვიდრა. ერთხელ თურმე წმინდა მამა სანადიროდ გამოსულ კახელ თავადს შეხვდა და ღვთის სიტყვა უქადაგა. ქრისტეს სჯულს ნაზიარები დიდებულის დახმარებით მამა იოსებს წმინდა გიორგის სახელზე პატარა ეკლესია აუშენებია. წმინდა მამასთან სიახლოვის სურვილით აქ ბევრი მორწმუნე დასახლებულა. როცა ამბა იოსებ ალავერდელი გარდაიცვალა, მოწაფეებმა იგი მის მიერვე აშენებულ ტაძარში დაკრძალეს. დროთა განმავლობაში აქ მნიშვნელოვანი სამონასტრო ცენტრი ჩამოყალიბდა.

X საუკუნეში დაწყებულ ქართულ სამთავროთა გაერთიანების ძირითადი ღერძი მართლმადიდებლობა იყო. ამ დროს საქართველოს სხვადასხვა კუთხეში თითქმის ერთდროულად დაიწყო დიდი საკათედრო ტაძრების მშენებლობა. X-XI საუკუნეების მიჯნაზე, 50 წლის განმავლობაში, აიგო ბედიის ტაძარი აფხაზეთში, ბაგრატის ტაძარი - ქუთაისში, სვეტიცხოველი - მცხეთაში, ოშკი - ტაო-კლარჯეთში და ალავერდის ახალი დიდი ტაძარი - კახეთში.

ალავერდის ახალი საკათედრო ტაძარი იოსებ ალავერდელის პატარა ეკლესიის ადგილას კვირიკე კახთა მეფეს XI საუკუნის დასაწყისში აუგია. ალავერდი იმთავითვე კახეთის მთავარ სალოცავად იქცა. ამავე პერიოდში აქ შეიქმნა ერთ-ერთი უმნიშვნელოვანესი ეპარქია საქართველოში. მასში შედიოდა ფშავ-ხევსურეთი, თუშეთი, მერე, კაკაბეთი, ვარდისუბანი, არბუხი, ღანუხი, ჩიბინიანი, ალავერდული, ახატელი, იყალთო, აწყვერი, თიანეთი, კისისხევი, უტო, კონდოლი, წინანდალი, ველისციხე. კახეთის შემოერთების შემდეგ დავით აღმაშენებელმა ალავერდის საეპისკოპოსო სრულიად საქართველოს ერთიან ეკლესიას დაუქვემდებარა. ალავერდის საყმო მამულთა უმრავლესობა ტაძრის ირგვლივ მდებარეობდა, ნაწილი კი სხვადასხვა სოფლებში იყო მიმოფანტული. ალავერდელი ეპისკოპოსები მონასტრის წინამძღვრადაც ითვლებოდნენ და ამიტომ ამბას წოდებასაც ატარებდნენ. XVI საუკუნიდან ალავერდელმა ეპისკოპოსებმა მიტროპოლიტის ტიტული მიიღეს.

ალავერდის ტაძარი მრავალჯერ დაზიანდა მომხდურთაგან. მისი პირველი დიდი რესტავრაცია ალექსანდრე კახთა მეფის დროს, XV საუკუნეში, მომხდარა. ამ დროს თავიდან აუშენებიათ ჩამოქცეული გუმბათის ყელი და კედლების ნაწილები. თავდაპირველად ტაძარი უფრო დაბალი ყოფილა, აღმდგენელ ხუროთმოძღვარს კი მისი ეპოქისათვის დამახასიათებელი მაღალი გუმბათი დაუშენებია, რის გამოც ალავერდის ტაძარი ყველაზე მაღალი ნაგებობა გახდა საქართველოში (მისი სიმაღლე 50 მეტრია). მეფე ალექსანდრეს ტაძრისათვის უხვად შეუწირავს ყმები და მამულები.

1616 წელს ალავერდი დაარბია შაჰ-აბას I-მა. შაჰ-აბას II-ის მიერ ჩამოსახლებულმა თურქმანთა მომთაბარე ტომებმა კი მისი მამულები საძოვრებად გადააქციეს. 1659 წლის აჯანყების შემდეგ კახეთი თურქმანებისგან გათავისუფლდა, მაგრამ ზიანი იმდენად დიდი იყო, რომ საეპისკოპოსო მხოლოდ საუკუნის ბოლოს აღდგა. ამის შემდეგ ტაძარი ჯერ ლეკებმა დაარბიეს, ხოლო 1735 წელს კი თამაზ-ხანმა ააოხრა.

1742 წელს „მოხედა რისხუამან და შეიძრა ქუეყანა, და დაირღვა და შეიმუსრა ალავერდის ეკლესია". მიწისძვრით დაზიანებული ტაძრის აღდგენა თეიმურაზ II-ის მეუღლეს, დედოფალ თამარს დაუწყია და მათ შვილს, ერეკლე II-ს დაუმთავრებია. ამავე დროს მომხდურთაგან დასაცავად ალავერდის ტაძარს ქვის გალავანი შემოარტყეს.